《噩夢(mèng)運(yùn)輸船3》的背景設(shè)定在2249年，人類由于過(guò)度開(kāi)采自然資源處于瀕臨滅絕的邊緣，唯一的希望就是尋找其他星球的資源。來(lái)自聯(lián)合探索組織(United Exploration Corporation)的兩個(gè)主要力量負(fù)責(zé)向外太空發(fā)射探測(cè)器尋找新的能源資源。在距第一顆探測(cè)器發(fā)射60年之后，人們發(fā)現(xiàn)了一顆名叫Argos 9的星球，并探知它的地表下蘊(yùn)藏著一種具有特殊性質(zhì)的金屬。